特急列車もレアな便がいくつかある。但し北陸新幹線開業に伴うダイヤ改正で、特に北陸方面は変更・廃止が既に決まっている。
くろしお：新宮行き…8:36(3号)
(停車駅…新大阪・天王寺・和歌山・海南・御坊・紀伊田辺・白浜・周参見・串本・古座・太地・紀伊勝浦)
本来は新大阪発着便がメインのくろしお。そもそも京都発着のくろしお自体が白浜発着と合わせて3往復しかない。新大阪〜新宮の便は2時間に1便ほどの間隔で運行。
しなの：大阪行き…18:50(16号)
ひだ：大阪行き…19:22(36号)
(停車駅…新大阪)
ひだ：高山行き…8:34(25号)
(停車駅…草津・米原・大垣・岐阜・鵜沼・美濃太田・白川口・飛騨金山・下呂・飛騨萩原・飛騨小坂・久々野)
東海が運行するワイドビューしなの・ひだ。本来名古屋発着だが、1往復だけ大阪を発着する便がある。ひだについては、岐阜で名古屋発着の列車の連結・切り離しを行う。
サンダーバード：魚津行き…18:09(35号)
(停車駅…福井・小松・金沢・高岡・富山)
大半が金沢か富山行きのサンダーバードの中に、1往復だけ富山から更に先の魚津発着便がある。新幹線開業後は当然金沢止まりになるので見られるのは今しかない。
ビジネスサンダーバード：金沢行き…月曜6:28
(停車駅…敦賀・武生・福井・芦原温泉・小松)
毎週月曜(月曜祝日の場合は火曜)限定、普段の始発より1時間も早いサンダーバード。福井着が8時・金沢着が8時48分で、金沢は少し厳しいが福井は翌日の仕事にも間に合う設定。普段の半分のたった3両編成での運行も特徴。
はるか：米原行き…20:33(38号)・21:33(42号)
(停車駅…大津・石山・草津・守山・野洲・近江八幡・彦根)
本来は関空発の場合京都行きが多いはるかのうち2便だけ米原行きがある。滋賀での客を拾うことがメインなので、京都〜米原間の停車駅は新快速から山科・南草津・能登川を抜いただけと結構多い。尚、関空行きも米原発と草津発が1便ずつ存在するため、この影響で京都6:22発と7:15発の関空行きは、本来の専用ホーム30番線ではなく6番線からの発着となる。
びわこエクスプレス：大阪行き…平日7:03(1号)
(停車駅…新大阪)
トワイライトエクスプレス：大阪行き…特定日12:18
(停車駅…新大阪)
