海中洞窟。ここではオーベムと組んだ3人パーティだが、水タイプ中心ということで同じ水タイプの主人公には結構苦労する場所。ラピス「タイプごりおし」が早い段階で手に入ったので攻撃に困ることは序盤で無くなった。問題は以前に引き続きやたら遠距離攻撃が飛んでくることで、特にハイドロポンプは例え100マス離れていても当たる。なので大部屋がとにかく恐ろしいったら恐ろしく、なるべくなら入りたくないが、大体大部屋に階段があるので、見かけたら逃げるように階段までダッシュ。
古代遺跡に入ると敵タイプが一変、オーベムが得意とする格闘タイプが中心となる。しばらくは攻撃を任せていたが、PPが無くなったのかしばらくすると違う技で攻撃するようになった。抜けるとコノハナ襲来、今回のストーリーについての真実が明かした後、始末するために石化させられようとするが直後に調査団が助太刀に入り、更にニャスパー二重スパイやミュウの存在など延々と長話を聞かされる。どんでん返しの連続で段々訳が分からなくなってきた。
コノハナ一味から逃げるために遠く離れたはじまりの森へ。ここでは6人パーティと再び行列を組まされる。特にここはフラフラダンスの全員混乱で一気に体制を崩しにかかるドレディアが多数出現、大集団にとって一発での一斉混乱は極めて不利。微妙に間を取って攻撃してくるヤミラミも面倒。
抜けきると追いついたコノハナ一味がイベルタルと共に登場、いよいよ直接対決。お供のコノハナ・オーベムは遠距離攻撃でたたみかけ、イベルタルは攻守共に優れているので隙が無い。仲間はあっさり倒され、ダンジョン冒頭で3人目として選んだメンバー以外は倒されると離れた場所に飛ばされ、隣接しないと復活出来ないため敢えて無視。一応主人公とパートナーは進化しているがほぼ焼け石に水。倒すと一瞬正気になった直後苦しみだしてどこかに消える。
最終目的地はここにある生命の木＋ダークマター。しかし直後木ごと浮上し始めてしまうが、各地の伝説のポケモン達の助力により一応抑制、その隙に進入。ここが事実上のラストダンジョン、最後ということでお供は来てくれず主人公とパートナーの2名のみ。ここでも常時進化している状態で、フロア数も7階＋7階と全快ポイントがあることを考えると比較的楽。引き替えに敵からの経験値が一律0なので一切レベルは上がらない。
登り切ると最後の戦い、ラスボスのダークマターとの連戦に突入。ポケモンではないので、技に依存しないオリジナルの特技を使ってくる。このため技を封じる「きんしのタネ」は効かない。第1形態はタフなだけで特に苦戦はしないが、その後パワーアップし支えていた伝説達が次々石化、結果木が離れてしまい主人公達も退化、ついでにラピス全消滅。一気に不利な条件下になるが、諦めない心を持ち続ける主人公達はそれでも戦うことになる。力ための後の串刺し攻撃は直前に赤くなっていないマスが安全地帯なので、ここではパートナーに作戦指示で上手く誘導させる。賢いのか自分から安全地帯に行ってくれるので、入ったらすぐ待機指示。なぎ払い攻撃の時点で強力なので、こんな隙だらけの攻撃に当たってしまうとすごく損した気分になる。
第2形態を倒しきると見た目は破壊されるが、ダークマターは負の感情なので消えないし例え消えても次世代に引き継がれると豪語。するとパートナー、負の感情をあっさり受け容れた。まさかの展開に油断したダークマター、あっさり中核まで破壊されて終了、こうして世界は救われた。
エピローグ、ゼルネアスが登場し正式な平和奪還と石化メンバーの全員復活を告げられる。調査団から一度休みを貰って村に帰還、村人達と感動の再会。しかし主人公はこの頃、世界を救った後は元の世界に戻らなければならないのではないかと察する。これは歴代ポケダン主人公と同様なので、ある種の慣例でもあるが、今回は違った。この事実をパートナーに話した直後、ミュウの化身である自身こそ役目を果たしたので去らねばならないという衝撃の告白。こうして2人は永訣、主人公のみ1人残されるというこれまでと逆のパターン、これはある種のバッドエンドか。
これを以て本編は全て終了。主人公のレベルは31、所要時間は丁度30時間。
序盤のあまりの高難度とDQ8が途中だったこと、その後もDQ8に比べてあまり時間を割かなかったことから、発売日に買っておきながら結局2ヶ月以上もかかってしまった。一通り終えて、先ず思ったのはストーリーのバランスが悪い。確かに太陽が近いやらコノハナと山に行くといった伏線はあるにはあったが、それらのはっきりとした原因兼最終目標が分かるのが終盤、それまでは石化ネタ以外にこれといった危機感も無く、そのくせラスト手前になって急に話がどんどんおおごとになっていき、そこにコノハナの裏切りから知らされる事実が何度も変わる主人公の記憶操作の件・パートナー昇天などなど、これでもかという裏返しの連続でかなり混乱。マグナゲートもバランスが良い方ではなかったので、この面はてんで駄目。どういう展開になっても相変わらず最終的に泣かせる方向に持って行くのは、既に泣きゲーとしての地位を確立している故の運命か。
ラピス導入による敵の大幅強化も頂けない。これなら従来通りのスカーフで良い。個人的に重要な要素だった依頼も、数は少なくないが完全固定になってしまい、仲間に出来るポケモンまで固定のため面白みが半減。何が「超」だったかというと、敵からのダメージと無駄なほどのダンジョンの多さ・クリア後のやり込みの規模か。やはり最高傑作・空の探検隊を超えることは今回も出来なかった。
一方で評価点は、マグナゲートで導入された課金要素を廃止してソフト価格での売り切りに戻したこと、これは大きなプラス。課金とかあまりそういう方向に持って行ってほしくなかったので、この方向性は大いに歓迎する。そして過去作での主要メンバーが直接的な繋がりは無きにしても、その仲間と共に再びゲーム内に帰ってきたのは、オールドファンには嬉しい要素。上でも触れたクリア後のやり込みも十分すぎる量で、仲間にした種類がまだ全体の2割にも満たないことを考えると相当な量になるが、これはクリア前に依頼を受けられた機会がそもそもかなり限られていたためという理由を付けることが出来る。マグナゲートで消えた空腹度の復活・技マシンの復活・ポケモン全種類登場については、評価というより過去作では当たり前だったことがようやく普通に出来たという意見。
この間、ポケダンも初代の救助隊発売から10年が経っていた。10年前と全く同じ名前・全く同じ主人公とパートナーで10年後にリリースされた最新作をプレー出来るのは、それだけ長い間人気を維持してきたからであり、非常に感慨深い。
