エピソードデルタ編、ここでの主役は隕石とレックウザ。但しその存在は後半にならないと明かされず、前半はひたすら「ヒガナ」を追ってデボン本社と宇宙センターを中心に各地を転々とする。この間はダイゴも重要人物として各所に登場するため、矛盾防止によりポケモンリーグは閉鎖されクリアするまで四天王に挑めない。
途中には懐かしのマグマ団/アクア団との戦闘もある。プレータイトルはASなので登場するのはアクア団、幹部ウシオも久しぶりに出てくるが、手持ちはやっぱり男のサメハダー1体持ちのままなのは昔から変わらない。但し最後の宇宙センターでのダブルバトルのみメガサメハダーに変化するが、そこまで大したことはない。この直前には、かつてアジトに登場した団員五人衆が再登場、再び1対5の群れバトルをさせられる。かつてのポチエナはグラエナにパワーアップ、「いかく」5連発で攻撃力を極限まで下げられるが、特殊技があれば関係ないし、そもそもグラエナもこの期に於いてレベル25しかないので大したことはない。
今度はアジトへ。一部の下っ端はトレーナーとして復活しているため視界に入ると戦闘になる。最深部の団長室ではバトルにはならずイベントになるだけ。宇宙センター経由で今度はルネシティに向かい、ミクリにも協力を要請。この時の会話で、目覚めのほこら前の大木はある大男が贈ったといった内容が出てくるが、この男とはXYに登場したものの殆ど詳細な情報が出ることなく終わったAZのこと。ここから今度は131番水道にある空の柱に向かうが、入る前に腕試しとしてミクリが直々に勝負を売ってくるのでとっとと蹴散らす。
空の柱内部はハシゴで繋がれたシームレス構造。初回のみヒガナから昔話が聞け、又僅かではあるがアイテムもある。技マシンの「だいばくはつ」は、いつもならあまり使い物にならない技だが、コンテストでは最後のターンで使うと一気にポイントを稼げる有効な技に化ける。
空の柱頂上でいよいよレックウザ登場。例によって捕まえなければ話が進まないタイプの伝説で、倒してもすぐに復活する無限ループ。厳選しようにも詳細なステータスが確認出来るまでに10分もかかる。その代わり捕獲率はかなり高く設定されているので、厳選は諦めとっとと開幕クイックボールで捕まえた。すぐに戦闘で使用するため、ここで手持ちが一杯だと誰かをつまみ出してボックス送りにしなければならない。XYのゼルネアス・イベルタルの時と同じ。
転送したら「そらをとぶ」を強制的に忘れさせられ、代わりに専用技「ガリョウテンセイ」に入れ替えられる、と同時に専用BGMがアツいヒガナ戦。強制的にレックウザが先頭になるので、早速メガシンカで強化。専用特性「デルタストリーム」が呼び起こす乱気流により氷・岩・電気技のダメージが減る。敵から飛んできた、最大の弱点である「れいとうビーム」のダメージも軽減出来たが、追加効果までは軽減されないため、あっさり凍ってしまった。ほぼ最強クラスのポケモンであるメガレックウザが登場早々から氷状態になって動かなくなってしまった様はかなり惨め。その後も「りゅうのはどう」で毎回激しいダメージを受け、本当に強いのかと少し怪訝に思えてきてしまった。
何とかヒガナを倒すと、隕石目指して遂に宇宙へ飛ぶ。何だかあまりポケモンと思えない、随分飛躍した展開だが…宇宙空間でこのストーリーの大ボス・デオキシスと最終決戦。相手はレベル80と野生としては圧倒的な高さなので、一撃死覚悟で先ず「りゅうのまい」で積んでみたら、相手は無傷にも関わらずいきなり回復技の「じこさいせい」、遺伝子ポケモンの割にかなり頭が悪い模様。チャンスなので試しに「ガリョウテンセイ」をぶち込んでみたら、ド派手なエフェクトと共に逆にデオキシスの方が一撃死。これで世界が救われた。
エピソードデルタクリアを以てイッシュ御三家と「ふねのチケット」が手に入り、これでようやくバトル施設の「バトルリゾート」に行けるようになる。XYでは殿堂入り直後から行けたのだが…。ストーリー展開はこれで終了だが、今後はタマゴ・育成・メダルと色々なプレースタイルに移行することが出来る。ダイゴの復帰によりポケモンリーグも再開されるが、全員が6体持ち・レベル20上積み・メガシンカ有りと大幅強化、特性も厄介なものばかり。XYで殿堂入り後も強化されなかった反動とはいえ、これでは今の状態で行っても返り討ちにされる。
