クリア後シナリオに着手。まどろみの森奥でまずホップと、直後に現れた「シーソー兄弟」との連戦。珍しく回復無しの連戦なので割と苦戦。
ホップ戦先発で固定されているバイウールー。ゴーストタイプを出すと、しばらくは「コットンガード」で防御を上げるが、上げきるとひたすら効かない「すてみタックル」。なんだかかわいそう。
博士になったソニアの協力のもと、各地のジムを巡り、襲撃しているダイマックスポケモンを鎮める。前半は各リーダー・ホップ＋助太刀でやってきたネズとのレイドバトル、後半は大量発生したという設定で1人1体ずつ戦うため、通常は発生しないタイマン。対4人の場合でも、途中でバリアを張ったりしないので、ワイルドエリアでのレイドバトルよりもかなり簡単。何故かキルクスジムのみ例外で、"新ジムリーダー"ビートとまた対戦することに。この時ばかりは、トーナメントでも出てこなかったポプラが登場。
アンチダイマックスであるネズもレイドで戦うのは貴重だが、スパイクジムがダイマックス不可という都合上襲撃を受けず、このままではジムリーダーで唯一出番が無いので共闘したものと思われる。但し本人は、スパイクタウンが襲撃されてマリィがピンチになる、と一瞬パニックになる場面が二度もある。
最終的にはナックルジム屋上で、まず暴走している相方の伝説と対戦。ここではザ シアンの方。「つるぎのまい」で攻撃力を上げまくり、上げきってもなお使ってくるので隙はあるが、いざ攻撃してくると猛烈な破壊力なので油断すると全滅。
これを仕留めるといよいよパッケージ伝説の捕獲。用途が無いマスターボールを使う機会なので何の戦略もいらない。…が、いつまで経っても性格が一致しない。調べてみると、今作での性格シンクロは叢・水上での野生戦のみ100％発動するが、それ以外では無効で、レイドの他伝説も対象。嫌でもミントを使わせるというクソ仕様。仕方ないので無補正で終わらせる。
捕獲後、相方を追いかけたホップからの電話が入り、それに混じる相方の鳴き声にこちらの伝説がバックの中から反応するシーンがある。例えボックスに転送してもこのシーンが出るという矛盾。恐らくマイナーチェンジ版では改良されるはず。
そのホップから呼び出される形で、再びまどろみの森へ。自ら相方を捕まえるという、ナンバリングでは異例のシーンが入ったあと、ホップとの最後の一戦。冒頭の戦闘からこちらのレベル上げ幅が5もないのに、相手は10もレベルアップしている。そんなに経験値を稼いだのか。
トリでさっき捕まえた相方が襲ってくる。暴走していた時と技が違い、全て攻撃技のフルアタ構成につき一切無駄行動をしない。相手は仮にも伝説であり、レベル含め全てのステータスが下回っている。しかも相手の技はこちらの全員の弱点を突けるため、こちらの手持ちは勝てるはずもない。最終的に、「ワイルドボルト」を使わせまくった挙句の反動ダメージで自滅させるという無茶苦茶な戦法で無理矢理倒す。
トーナメント敗退や、度々トレーナーに負けるシーンがあったりで目標を見失っていたホップだが、ここで人の役に立ちたいということで、研究所の助手という職を見出す。クリア後に新たに別の人物を雇っていたが、シーソー兄弟とグルだったため去っており空席になっていた。これ以降、ホップは研究所に常駐するようになるが、代わりに「イヌヌワン！」の声で一躍バズったソニアの飼い犬ワンパチが姿を消す。正式にはグルの助手がいる時点で研究所からいなくなっているが、ナックルジム地下エレベーターをこじ開けたのが最後の雄姿だった。
これを以て、ゲーム中のシナリオ進行は全て終了。マップ画面にあった行先ヒントの枠が消滅し、コマンド画面でのヒントはワイルドエリア関連のみとなる。
捕まえたザ マゼンタはムゲンダイナ共々、努力値上げ。ポケジョブでナックルユニバーシティが開催しているゼミを受けさせる。でも最大の24時間でも96しか上がらず、パワー系アイテムを持つことで3倍になるが、そのためにわざわざBPを消費するのもちょっと面倒。栄養ドリンクで252まで振ることができるようにはなったが、0から振るとなると1ステータス26万、1人3ステータス計53万とかなりの費用。サンムーンのポケリゾートに比べると安易に上げにくくなった。ポケリゾートの代替が無い影響で、きのみ栽培も今作は不可能となり、努力値を下げることも易々とは出来なくなった。
