ゲームを再開すると、エンディング映像や地図に記されたマークを手がかりに、神秘の歯車を拾ってから忘れられた塔へ。過去を変えられるということで、ベロニカ復活・ウルノーガ消滅を期待するメンバー達だったが、重大な条件が突きつけられる。過去に戻れるのは主人公1人のみ、そしてこの時間軸には二度と戻ってこれない。これを知るや否や、全力で壁を作り道を塞ぐメンバー達。まるでサッカーのゴール前フリーキック。しかしこれまでにない強い絆を感じることが出来た。
ちょっと唐突すぎた上にかなり重い決断なので、びびって初めて攻略サイトで確認してみた。行けるのは実際に主人公1人のみだが、グレイグ将軍以外の仲間とはすぐ合流出来る。合流する時間軸は聖地ラムダ突入直後で、仲間の手持ち・ステータス・スキルの開放度は全て当時のまま再現。アイテムは一部の重要アイテムは失うが、現在の手持ちは仲間の分含め全て持って行ける。過去が変わることで六軍王は存在そのものが無かったことにされるため、黄金城など一部のダンジョンは消滅し、最後の砦も元のイシの村に戻る。そして何より、過去へ行くことについてかなり何度も確認のダイアログが出てくるが、全て「はい」と選択しない限り話は進まず、平和な世界を延々と彷徨い続けることになる。
一応平和な世界も過去に戻ると無くなるので、過去へ行く前に世界を漫遊。ナンバリングタイトルで平和になった世界を楽しめるのはそうそう無いのだが、それもそれで特にこれといったことも起きないのでまあ暇。ずっと平和だとゲームにならない。
十分に巡ったら塔に戻る。レクイエムと共に、現世の仲間と最後のお別れ。仲間自体はすぐに会えるが、のちにタイムパラドックスで未来が変わってしまうため、この時間軸は仲間もろとも全て消滅する。文字通りこれが今生の別れ。大樹崩壊からここまでの出来事も一切合切が無かったことにされる。『過ぎ去りし時を求めて』というサブタイトルはこのことを意味している。突入と同時に勇者のつるぎを失う。
飛ばされた先はラムダ前。入るとすぐ仲間と合流。元々いた主人公は過去突入と同時に消滅した模様。大樹前までは前と全く同じことをやらされ、イベントシーンも全く同じ。違うのは大樹内部からで、未来を知っているが故にある種の予知能力を身につけたため、ホメロス将軍の襲撃も予知。怒った将軍とまたまた対決となる。打撃攻撃は主人公が持つ魔王のつるぎ以外はあまり通らないが、相変わらず遅いので、回復さえやっておけば何とかなる。
倒すと、応戦に耐えきれず魔王のつるぎが粉砕されるも、将軍が悪に染まっていたことを感知したデルカダール王にとどめを刺され死亡。これにより未来が大きく変わる。同時に再度勇者のつるぎを手に入れるが、これは前回より攻撃力が45アップした勇者のつるぎ・"真"。
世界平和記念で宴をするということで城に招かれ、久しぶりに破却前のデルカダール城へ。しかしただでは転ばず、王に取り憑いていた"魔道士"ウルノーガと対決。大樹の力を手にする前の姿なので、魔王に比べるとかなり呪文攻撃も易しめだが、杖2本を招聘し且つ素早さも高いので、仲間のレベルが20も下がったこともあり段々苦しくなっていく。そこに回復がダメージに変わるという奇妙な技をかけられて一気に死人が増加。気分は闇ゾーマ。魔王に続いてまたしても全滅覚悟の満身創痍状態で倒せた。
これでようやくデルカダールに平和が戻る。同時にグレイグ将軍がパーティに加入し、これでこのゲームの仲間8人全員がようやく揃った。過去に行く前のステータスは当然破棄されており、初期装備はそれまでも身につけていた「デルカダールメイル」のみで、幹部兵士なのに剣すら持っていない。鎧だけの姿は旅人の服1枚よりも遙かにシュール。キャッチコピーの『お前の盾になる』は大樹崩壊後と同じなのに、その割に盾は当然持っていない。
今度は"勇者の星"に異変が起ったという理由で神殿の近くまで見に行かされる。何故かルーラは使えないので徒歩。ここからフィールドのBGMが3の曲『冒険の旅』に切り替わっており、またまた懐かしさで攻め立てる。城を出た直後の最初の1回のみ前奏入り。敵は当然パワーアップしており、今度は"邪"が付いた使い回しモンスターが跋扈。天空魔城の雑魚よりも更に強くなっているのでMPがすぐ無くなる。
星の異変を見届けると、突如"預言者"登場。神の使いに乗って天空の民に会えという預言を残していく。ここで空を飛べる「天空のフルート」再登場・再入手し、また空を飛べるようになる。未来ではベロニカの遺品という扱いだったが、この過去では生存しているので本人から手渡される。
神の民の里は、大樹崩壊後だと1棟・1人しか残っていなかったが、崩壊していない場合だと多くの建物と神の民が残っていた。長老から詳細を聞かされ、真の敵は"邪神ニズゼルファ"ということを知る。それまでこの名前は、ハンマー探しの際に遺跡の石碑からロウが僅かに読み取った文字にのみ登場していた。実質邪神に操られていたウルノーガは、ムドーやドルマゲスと同様にストーリー途中の大ボス的なポジションに過ぎなかった。今回は魔王戦の戦前の部分のウエイトや事の重大さが増した結果、戦前だけで一つのストーリーになるほどのボリュームになったということになる。力も解放してもらい、仲間のステータスが過去突入時相当まで引き上げられ、スキルも全解禁。これで未来のパーティは名実共に無に帰することとなった。
そんな長老がいる広場の隅にこっそりある宝箱こそ、ようやく見つけた最後の鍵。お宝探しのついでにこのタイミングで新たなクエストも解禁されるので、ストーリー進行が停滞してしまう。一応各町では六軍王の時と同様、それぞれ異変が起こっており最終的にはボスが待ち受けている。
