名神ハイウェイバス急行便廃止と同時にバスストップも多く廃止されたため、東名に比べると特に京都以東での現存数が少ない。各バスストップ間を相互利用出来るのはやはり名神ハイウェイバスのみ。
- 名神岩倉/岩倉BS
- (廃止)
- 安八BS
- (廃止、スマートIC設置により解体)
- 養老口BS
- (廃止)
- 山東BS
- (廃止)
- 秦荘/湖東三山PA
- (廃止)
- 蒲生BS
- (廃止)
- 栗東IC
- (廃止)
- 名神瀬田/瀬田西IC
- (廃止)
- 名神大津/大津SA・IC
- (廃止)
- 名神山科/山科BS
- (廃止)
- 名神高槻/高槻BS
- 名神吹田/吹田SA
- (廃止)