かなり長い間放置していたが、クリア後の世界に手を付ける。もうこの時点でサンムーンとは完全に別物。
最初は、ポニの樹林に新たに出現した新UBとの接触。2体出現するが、何の用意もしていないのでとりあえず2体とも倒すとクリア。もう一度樹林に来るとまた出現する。サンムーンは性格厳選を全く行わなかったので、今度こそはちゃんと揃えたい。
この新UB、ウルトラサンを選択しているので出現するのは花火を模した「ズガドーン」。2体とも捕まえないと、樹林の他の野生が出現しない。今回もGTSで多用する予定のリオルはサンムーンに引き続き樹林にしか出現しないので、否応にも捕まえないといけない。威力も反動ダメージも強烈な専用技、その名も「ビックリヘッド」が超強力なので、ウルトラボールで即決しないと危険。種族値は攻撃・特攻とも高めだが、覚えられる物理技は特殊技に比べると見劣りするので、ここは特攻と素早さ高めの組み合わせを1体ずつ選んだ。
UBイベントクリア後、フェスサークルがレインボーロケット団に乗っ取られる。クリアするにはバトルエージェントに行くしかなく、そもそもクリアしないと脱出出来なければセーブすら出来ない。その代わり、ここでのバトルエージェントは通常に比べかなり難易度が低い。クリアすると、禍々しいロケット団仕様の城が何故かそのまま利用出来ることに。
ここから新エピソード・レインボーロケット団編が始まり、フェスサークルの次はエーテルパラダイスの屋敷が乗っ取られる。リーリエと共に屋敷に突撃するが、この時ソル/ルナを捕まえていない場合、マハロ山道に行くと捕獲前と同様ソル/ルナと共にリーリエがいるという矛盾が発生する。
ロケット団の手持ちは何故か第1世代1体持ちばかりで、ラッタ・オニドリル・アーボック・オコリザル・ゴルバット・スリーパー・ゴースト・ドククラゲ＋1人のみベトベトンに絞られるので対処が楽。異常に視野が広く、かなり離れていても見つかる。BGMのイントロは金銀のロケット団戦と同じ音源、その後の屋敷内・外観BGMは赤緑のロケット団アジトのアレンジというファン泣かせの仕様。ただ屋敷に入るまではパラダイス内で回復出来るスポットが無いのでかなり不便。
屋敷前で、出世にこだわる故にロケット団とグルになったザオボーと対決。以前同様に財団職員とのダブルバトルで、久々に財団職員戦のBGMが流れる。こちら側のパートナーはリーリエで、サンムーンでは最後まで無かったリーリエのバトル参戦が遂に実現した。しかし手持ちは研究所ロフトの人形でおなじみピッピ1体のみと極めてひ弱で、実質1対2となる上に職員側が「バークアウト」でしつこく特攻を下げてくる。屋敷に入るとまたダブルバトルで、今度はグズマが参戦。あのグソクムシャが味方となって戦う。
屋敷内は最早代名詞とも言える懐かしのワープゾーン。同じく懐かしのマルマインのトラップボールもあり、高い素早さのおかげで逃げにくく、大抵「だいばくはつ」を食らう。左右2ルートあり、前半は大量の団員と共に、それぞれ一番奥にルビーサファイアで登場したマツブサ・アオギリが登場。UB同様ウルトラホールからやって来たという設定で、BGMは勿論当時のアレンジ。どちらも手持ちの一番最後に劇中追い求めていたグラードン・カイオーガを繰り出してくる。ボスとはいえトレーナーが伝説級を使ってくるのは異例且つセコい。しかも他の手持ち共々、全員マスターボールに入っているという豪華さ。改造なのかもしれないが。
