すれちがい通信をしていたら「むげんのチケット」が手に入った。本来は配信限定アイテムだが、所持しているとすれちがい通信で配布が可能になる。いつかは手に入るだろうと思っていたら意外とあっさり手に入れた。更に秘密基地での団員の得意技「ものヒョイヒョイ」でマスターボールも手に入り、これでラティオス捕獲体制が整った。今作はかなり伝説の数が多いため、マスターボールは幾つあっても困らない。
団員の得意技で優先するのは常に「ものヒョイヒョイ」＞「おたからドコドコ(換金アイテムガチャ)」＞「いしザクザク(進化石ガチャ)」＞＞＞「きのみシューシュー(きのみガチャ)」＞その他。夜24時までに「ものヒョイヒョイ」持ちの団員を固めておけば、24時を過ぎるともう1回回せるのでそれだけマスターボールのチャンスが広がる。逆に、「たまごナデナデ」「ポケモンもみもみ(なつき度上げ)」「しゅぎょうバンバン(レベル上げ)」「ワンツーエクササイズ(努力値上げ)」は今の段階では不要なのでハズレ。「グッズがちゃがちゃ(もようがえグッズガチャ)」もかなりグッズを集めてもうそこまで要らないので不要、「きょうのうらない(OパワーMAXがランダムで発動)」はおこづかいパワーが出れば当たりだが、ぜんかいパワーが出ると全く無意味なのでギャンブル性が高く少しリスクがある。当たりな得意技をゴールドランクでも全く所持していないのはカラテおう・バトルガール・エリート・ブリーダーで、これらはフラッグを1日で多く取っていそうでない限りほぼ仲間にするのは避けている。優先度の低いきのみ以外はハズレしか持たないだいすきクラブもあまり要らないが、そもそも設定している人を殆ど見かけない。
ストーリーの方は、アクア団アジトをクリアしたので124番以遠の水道が解禁になり、一気に行動範囲が広がる…と同時に、各水道には海パン・ビキニ・浮き輪・トライアスリートが大量に配備されており、たまに出てくる波乗りエリートを除くと水タイプのオンパレード。こちらは必然的にロゼリア・サンダースをぶつけるため恐ろしい勢いでレベルが上がっていく。ここまで水タイプしか出てこないと他のタイプが恋しくなる。
この段階ではトクサネシティ以外にあまり行けるところがない。町の中にある宇宙センターは座ると視点が変わる場所がいくつかあり、管制室に座ると関係者にでもなった気分になる。その一方で宇宙飛行士仕様としてまたも覗き看板がある。町をうろうろするだけでは話は進まないので、こういう時はジムに取りかかるに限る。トクサネジムはエスパータイプなので、フワライドのシャドーボールでバッサバッサなぎ倒していく。例外としてノーマルタイプ持ちでもあるキリンリキは唯一効かないので他に任せる。リーダー戦は歴代でも数少ないダブルバトルとなっているが、その代わり手持ちはソルロックとルナトーンの1体ずつだけなので極めて早く終わる。ジムを出たところでタイミングよく地震発生、海底遺跡に行く必要が出てきたので、現れたダイゴから秘伝マシン「ダイビング」が手に入る。トクサネジムをクリアするとダイビングも同時に解禁されるので覚えさせれば即使用可能。
とりあえず海底遺跡に手を付ける。内部は団員も配置されているもののかなり数が少なく、アイテムも殆ど手に入らない。一応技マシン「じしん」のような有用なものもあるが…。せいぜいかいりき用の石を動かすのに多少頭を使う部分がある程度。最奥でリーダーをさっさと片付けるとカイオーガが復活するが、この時のムービーはゲーム冒頭のタイトルムービー以来のキャラの体が等身になっているのが珍しい。復活後はミナモ〜131番水道が「強い雨」になり、町で屋外にいる人は全員台詞が変わる(各水道のトレーナーは変化なし、ミナモデパート屋上も降らない)。バトルにも適用され、特性「あめうけざら」「すいすい」など雨でステータスが変化する特性はしっかり影響され、又天候を変化させる技・特性は例外を除き一切効かなくなり、更に炎タイプの攻撃技を全て無効化するため、ただでさえ水タイプばかり出てきつい炎タイプはますます使いにくくなる。
