クリア後はオープニングも変化している。いつものテーマソングが流れ、勉強の物音がポケモンバトルでもしてそうな物音に変化。机のモンスターボールが無くなっているのはそのためか。
そろそろの頃合いと思いオンライン解禁。マジカル交換は、画面上のメッセージが出ている間だとYボタン一発でポケポータルのページに飛べる。まだまだ日が浅いということもあってか、交換は最速0秒、遅くとも15秒前後で交換が成立するため、何かのついでに行うのは逆に困難。しかし今作はIDくじが再び廃止になってしまい、楽しみが剣盾よりも少し薄らいでしまった。それでも御三家辺りはすぐ揃う。
テラレイドバトルの募集。デファクトスタンダードと化している☆5レベルのレイドは、☆4の敵がレベル45なのに対しレベル75と跳ね上がる。対等に渡り合うには85～90以上のレベルが必要。クリア直後の70前後のレベルではとても相手にならず、入ったところで足手まといになるだけ。最悪晒される危険性もある。「ランダム」も大体☆5に飛ばされるため、自信がなければ入らないこと。
尚、オフラインの1人レイドも、NPCは手持ちも技もかなり適当で、☆3辺りで結局剣盾同様使い物にならなくなる。☆4が解禁された頃でNPCの手持ちが一斉に進化形に更新されるのが唯一の救いか。
ある意味凶悪なバグである無表情バグ。一定時間起動していると、あらゆる状況下でも一定の表情で固定される。発生すると、今作を象徴するバッジ獲得時の記念撮影でも同様。本来この土震のヌシの写真はこちらの口が開いている。この時は全く気付かなかったが、無表情が明らかに不自然なシチュエーションの写真もある。ゲームの進行自体には何の影響もないが、かなりのシナリオ重視である今作でありながら思い出を大きく毀損することになる。尚、重要な場面で入るムービーシーンと、エンディング一番最後の記念写真に関しては対象外。
