努力値配分がようやく終わったのでストーリー再開。
16〜17番道路。野生はこの辺りから徐々に進化形が出てくるようになり、逃げられないとダメージがかさむ。ウラウラの花園はメレメレと違い単なる通路でしかなく、しかも尾瀬のように木道になっているため実質ノンストップで通過出来るが、花園に埋まっているアイテムやトレーナーを見逃すのは勿体ない。17番道路には、どこかで見たような段差による複数の分岐ルートがあり、どれも通らないとアイテムなどが回収しきれない。
ポータウンは町としての機能は殆ど無く、単なるスカル団のアジト的な扱いでしかない。一々バリケードがあって中々真っ直ぐ進めない上に建物もどれも入れず、破壊されたポケセンで1回10円払って回復出来るだけ。パソコンも壊れているので、使いたければ16番道路の海岸手前まで戻らないといけない。外は常に豪雨のため炎タイプにはかなり不利な環境。
内部では当然大量の団員と戦うことになる。旧作の悪役同様手持ちは偏っており、大体はアローラコラッタ・ゴルバット・スリープばかりだが、何故か時々カリキリも混じる。見た目もタイプも全く悪役に似合わないのでかなり浮く。屋敷内はかなり散らかっており、WiiUだらけの部屋もあったりしてかなり精神年齢の低さが垣間見れる。
悪役アジトにありがちな仕掛けは無く、代わりに合い言葉を言うクイズを出される。屋敷にある3つのメモに出てきたキーワードを言えばいいが、単に言うだけでは『スカしてない』という扱いになり通れない。メモのうちの一つに出てきたヒントがここで活き、合い言葉の最終確認時に「いいえ」を選ぶことで『スカしている』と認定され通れるようになる。先にいる幹部グズマを撃破すればクリアになるが、直後グズマがいた玉座に座ると、たまたま現れた下っ端がふんぞり返る主人公の姿を見て畏怖の念を感じ逃げ出す一コマが見れる。
クリアするとエーテルハウスに飛ばされ、ヤングースを返還したのはいいが、リーリエ拉致の責任という名目で何故がグラジオと戦う羽目になる。相変わらず「タイプ：ヌル」登場、若干攻撃が変わったがタフなのには変わりない。戦闘後、今度はマリエシティの港に飛ばされ、ポータウンクリア後にちょっとだけ出てきたおじさんこと、しまキング・クチナシと対戦。随分唐突だが割と簡単に勝てた。
次は更にエーテルパラダイスに飛ばされる。いよいよエーテル財団がこちらに牙を剥く時がやって来た。今回は侵入者という身分なので目線を避けて移動すれば戦わずに済むが、それはやっぱりもったいない。財団はスカル団と違いかなり所持タイプが広範囲であり、毎回違う種類が出てくる。しかも結構金持ちで、おまもりこばん＋ハッピータイムで職員1人当たり7000円前後と稼げるが、この辺りからトレーナー戦でも進化形が出てくるようになるため、一々ハッピータイムで隙を作っていると結構痛いダメージを受ける。但し頻繁に挿入されるダブルバトルだと若干軽減される。
後半はスカル団も復活。グズマとの3度目の勝負も待っており、前回より更にパワーアップした4体持ちで挑んでくる。ここまで3体以上持ちはごくまれだったので、久々に総力戦となった。勝つと奥の神殿に入れるが、こんなところでも人のベッドで寝転がることが出来る。勿論土足で。
上層に行くとビースト全開放。通常よりFPSが高いのか画素が高いのか、専用ムービーなのでディザが通常より軽減されている。そしていよいよエーテル財団ルザミーネ代表との直接対決。これまでのヌルさを一蹴する驚異の5体持ち、全て最終進化形＋タイプ被り無しのバランスパーティで本気の戦いを演じることに山場を感じさせる。但し代表には大きな弱点があり、このうちキテルグマは攻撃に格闘とノーマル技しか覚えていないのか、格闘技が効かないゴーストタイプのアローラガラガラを持ち込むと、控えがいる場合は即交代するが、いない場合はひたすら「つぶらなひとみ」だけで全く攻撃せず、下げきると効かない「とっしん」を繰り返すだけで何もしないので完封出来る。が、こちらもこちらで極限まで攻撃力を下げられるので完全に泥仕合になる。ミミッキュならまだましだったかもしれない。
撃破すると新章突入。今度は伝説ポケモンを探す旅となる。リーリエはおめかしして全く違う姿にフルチェンジ、またハウは試練へ進むためここでお別れ。今回はこのタイミングでの支給となる「マスターボール」を手にして出発。
