クリア後のアフターストーリー・パートナー復活編。これに取り組むのは任意となっており、ミュウ加入まではやるのもやらないのも自由。パートナーを復活させないまま依頼を進めるのも可。
パートナーを失い、鬱状態のまま仕事を進める主人公、かつての覇気はすっかり感じられなくなった。そんな中、団長から「せいれいの丘」のネイティオの話を聞く。彼に頼めばパートナー復活への手がかりが掴めるのではないのかと。
しかしこのダンジョン、仲間は入れず強制的に主人公がピンで挑むため、ストーリー中よりも一気に難易度が上がる。これまで仲間連れ込み禁止の単独潜入は、ストーリーが関わらない一部のレベルリセットの高難度ダンジョンでしか適用されなかったため、クリア後とはいえストーリーに持ってきたのは異例。
出現敵タイプは炎と岩で、水である主人公は割と有利。無論だからといって簡単ではなく、いずれの攻撃もかなりの高威力＋幾らこちらの攻撃の威力が抜群であっても、大半の種類は倒すまでに3回も攻撃しないといけない。このためPPの減りがかなり早くすぐガス欠になる。中でも非常に強力なウルガモスはオーブ登録のために1回倒すだけで十分。
踏破するとネイティオ登場、しゃべり方は過去作での登場時と殆ど同じだが、同一人物かどうかは不明。ここには特にこれといったことはなく、「ミステリージャングル」に行けとたらい回しにされるだけ。
「ミステリージャングル」もやはり主人公がピンで行かなければならない。一転して毒タイプが多めになるのでこちらの攻撃も期待出来ず、その上いきなりからクロバット・モルフォンといった強敵が出現。後者の部屋技「ぎんいろのかぜ」を大部屋で受けるとほぼ死亡、又タイプがタイプなので技・特性で毒を浴びせてくる種類が多数いるので回復も期待出来ない。
踏破すると、それまで名前だけ出ていたミュウが初めて出現。但しパートナーとの関係はなさそうなのでハズレかと思いきや、妙に気に入られたため連れて帰ることに。レベルは40、本編同様希少な技である「ゆびをふる」を覚える。
連れ帰ったミュウは完全に調査団に馴染んでしまい、主人公と共に依頼をこなすこととなる。しかししばらくこなした後眠って起きると、突然おだやか村からスタート。パニックに陥る主人公、何とか一つずつ事の記憶を思い出す。ミュウが倒れ直後誰かに襲撃されたのが原因で記憶を失っていた。ミュウが倒れた原因は心に潜むダークマター、何とかしようと奔走するさなかに今度はミュウがさらわれる。同時に「じょうか(浄化)の洞窟」でダークマターをミュウごと消滅させるという脅迫めいた手紙が届き、主人公はミュウ奪還のため「じょうかの洞窟」に挑む。ここのみメインストーリーと同様に強制なので他へは行けない。
ここでは仲間を入れられるので、切り札として使用してきたボーマンダを投入するも、これが大きなミス。弱点を突けないタイプばかりが出現し、逆にこちらの最大の弱点である氷タイプのバイバニラに殺されかける始末。ボーマンダそのものも敵として出現、これについてはこちらも弱点を突けるのであまり怖くないが、同じく弱点を突けるはずであったオンバーンは全ての敵味方を攻撃する「ばくおんぱ」で全滅直前まで追い込まれた。
最奥部で囚われのミュウと、誘拐犯としてまたしてもコノハナ軍団出現。無論かつて自らを追い込んだダークマター消滅のためだが、既に愛着を持っていた主人公は抵抗する…と共に、あのスカーフが光って突如パートナー復活。そしてまたもどんでん返し、ここでのダークマターは＝パートナーであり、これだけ強く想わないと普通は復活出来ないとのこと。
こうしてパートナーは正式に復帰、同時にミュウも元のジャングルに帰るのは帰ったが、呼べば来るということでパーティに登録。又、調査団の面々もここで加入しパーティに入れられるようになった。しかし、引き替えに主人公とパートナーが長らく着けていたスカーフは失うことになってしまった。
これ以降はトレジャーシリーズ編が始まるが、更に難易度が高くなるので一旦はここで依頼に専念することになる。もう主人公とパートナーのパーティ縛りは無くなるので、能力の低い2人は進化出来るものの、既に進化形態が仲間になっていることも多々あるため、事実上ここで引退させても特に影響は無い。一方で町にはこの段階から御三家の第1形態達が出るようになり、いずれも悩みを持っている時に話すと仲間になる。中には主人公・パートナーと同じ種類も登場し、まるでドッペルゲンガーだが一応別人。スカーフが無いので見分けもつかなくなってしまった。
ダンジョンでのパーティは、「超やる気」状態のポケモン3体を選んで行くようになった。超やる気だと獲得経験値が3倍になり、経験値が全然稼げないポケダン超では活用しない手は無い。この中にアンノーンが混じっていると条件が変わり、超やる気でなくとも獲得経験値が2倍になり、更にアンノーン自身は6倍にまで増えるのでかなりレベルが上がる。但し本編同様覚える技は「めざめるパワー」のみ、PPの多さがモノを言うポケダンでは技が1つだけではすぐにPP切れを起こすので、レベルが上がってもあまり使い物にならない。
依頼は、レベル50ほどあってやっと☆4程度の難易度で苦戦しない程度になるので、殆どが50以下＋大半の依頼が☆5以上の現状ではあまりこなせられない。なので超やる気を活用して比較的低難度の依頼で修行の繰り返し。ダンジョン内では時々旅のポケモンが出現、話しかけると全ステータスが全快して仲間になるので修行の際には活用したいが、常に移動しているためフロアが広いとどこにいるか分からず、そのうち空腹度が0になるのがお約束になりつつある。
