いくつか依頼をこなすと、マークしていたワルビアルを追い以前行った「テンケイ山」への再調査を命じられる。随伴はアーケン、更に久々に寄ったおだやか村でコノハナもついて行くことに。しかし、平和なのはここまでだった。
頂上に着くと超の名にふさわしいほどの急展開。頂上にある石化を解く水の封印は人間にしか解除出来ないという流れから主人公が解除するも、同時にワルビアル出現でピンチ…の矢先に三聖獣登場でこちらもワルビアルを追い詰める…と思いきや、ここで石化の真の黒幕イベルタルが現れ、同時に長らく主人公達についていたコノハナもグルという事実を明かし、主人公達をまとめて石化、同時に遺跡を調査していた調査団の別グループも石化。カテゴリーが全く異なるコノハナとイベルタルが仲間同士として攻撃してくるのは何だかシュールだが、一応悪タイプという共通点がある。これほどの急ハンドルに子供たちがついて行けるのだろうか？
ここからは石化すると堕とされる虚無の世界を彷徨うことになる。かなりの数のダンジョンが用意されており、最後まで進んで脱出し石化を解除しない限り戻れないため、事実上ここにポケダン恒例の遠征が組み込まれているといえる。当初は2人きりだったが、途中で遺跡側チームのうちデデンネ・クチートと合流、その後残りのチームとも合流し実に7人パーティという大集団でぞろぞろ進むことになる。当然ながら非常に敵に狙われやすくなり、しかもやたらと遠距離攻撃を仕掛けてくる種類が多く、ふっかつのタネがみるみるうちに無くなっていく。虚無の世界にはリンゴも一つも無く、あるのは食べると状態異常を起こす「ベトベタフード」のみなのが難易度を更に上げている。
更に厄介なのがメタモン。アイテムに化けており、上に乗ると即変身、同時に部屋中のポケモンが一斉に混乱し一気に撹乱させられる。落ちているアイテムに化けているのはトルネコの大冒険に於けるミミックと同じだが、凶悪さはメタモンの方が遙かに上。但し中にはリンゴに化けているバレバレな奴もいる。
7人パーティとなる「静かな岩場」の最深部で「虚無の影」と対戦。こちらもポケダンでは恒例となりつつある、「ポケモン以外の敵」との対決。タイプはランダムだが、倒しきれないと分裂するので戦闘が長引きやすい。全部始末しても、増殖した影に飲まれてブイゼル・アーケンらが死亡、主人公も飲まれかけるも、三聖獣に救われる。遺跡調査団で唯一生存のクチートを加えた6人パーティで先へ進む。聖獣はやたらと態度がでかい反面、当たり前だが調査団メンバーより強いので、大抵の攻撃は彼らに任せる、というかバカみたいに硬いギルガルドなんてそうしないと早々倒せない。
「地天の山」頂上で、虚無の世界最終ボスであるメガシンカ3体＋影との対決。ここまで来るともう玉や枝でのしばり・混乱なんてすぐ解除されるので、とにかく殴るしかない。倒すと、聖獣達とクチートを犠牲にして脱出し石化解除、元の世界に戻る。しかしタウンに戻ったところで店の経営者たち以外は全員消失か石化しており、かなり陰気。アジトに忍び込んでいたオーベムを倒し、半信半疑のうちに仲間にする。ストーリーが急展開を迎えたところで早くもクライマックス、諸悪を討つため生命の樹に向かう。
