京都バス以外はそんなに多くない。せいぜいJRバスにある程度で、大半は市バスと同じ名前で揃えられている。
国立病院前⇔京都医療センター(京阪バス)
京阪バスは元々から市バスと同じ名前の停留所が多いが、1カ所だけ違うバス停がある。国立病院は04年の独立行政法人設立時に一部が医療センターという名に変わり、ここも例外ではない。京阪バスはそれに合わせてバス停も変えたが、市バスはそのまま。全国的にも変えたところもあれば変えていないところもあったりしてまちまち。
尚、京阪バス系列の京阪京都交通は市バスと違う停留所がそこそこあったが、旧京都交通からの譲渡前後に全て市バスと同じ名前に変えられた。
久世殿城町/国道東土川⇔殿城町/東土川(阪急バス)
省略例その2。両方とも171号線沿いにある。市バスには更に隣に「東土川橋」というバス停もあり、混同に注意。